Organy w katedrze kamieńskiej znajdują się na zachodniej emporze wieży. Uległy one uszkodzeniu podczas pożaru, który wybuchł w 1630 roku w trakcie wojny 30-letniej. Nowy instrument, który zachował się do naszych czasów został ufundowany w 1669 roku przez ostatniego biskupa kamieńskiego, księcia Ernesta Bogusława de Croya. Twórcami organów byli Friedrich Breyer, Michael Briegel oraz rzeźbiarze Martin Edelber i Johann Grundman. Prace trwały od 1669 roku z niewielka przerwą, do zakończenia w 1672 roku. Wtedy też zostały poświęcone.
W okresie późniejszym, organy w Kamieniu Pomorskim były kilkakrotnie remontowane i przebudowane w XVIII i XIX wieku. W 1888 roku organy zostały rozbudowane. Zwiększono je o 44 głosy sprawiając, że nadały romantyczny charakter instrumentowi. Trakturę (system elementów łączących klawisze) zmieniono na pneumatyczną. W dalszych latach, w czasie zawieruch wojennych, organy zdewastowano. Elementy grające zniszczono w 90 procentach.
Pod koniec II wojny światowej Niemcy planowali zdemontować i ewakuować instrument w głąb Rzeszy. Jednak zamierzeń tych nie zrealizowano ze względu na szybko zbliżający się front wschodni.
W latach sześćdziesiątych XX wieku przeprowadzono restaurację katedry kamieńskiej. Pracami kierował ksiądz i konserwator zabytków – Roman Kostynowicz – absolwent Wydziału Sztuk Pięknych UMK w Toruniu. Wtedy też dokonano remontu organów, którego podjął się zakład organmistrzowski Zygmunta Kamińskiego z Warszawy. Uzupełniono brakujące głosy tak, że dyspozycję instrumentu oparto na 43 głosach. W 2004 roku zakończyła się kolejna rekonstrukcja, której podjęła się firma Władysława Cepki z Popowa.
23 czerwca 1964 roku pieśnią „Gaude Mater Polonia” w wykonaniu Chóru Politechniki Szczecińskiej i „Preludium Organowym” Jana Podbielskiego, zagranym przez szczecińskiego organistę Rudolfa Rożka, zaingurowano pierwszy z „Koncertów Organowych”. Wysłuchało go około pięciuset słuchaczy obecnych w kamieńskiej katedrze. Festiwal rozwijał się z roku na rok jako Festiwal Muzyki Organowej i Kameralnej. Stał się znany w całym kraju jako koncert letni. Koncerty odbywają się w piątkowe wieczory od połowy czerwca do niemal końca sierpnia. Odbywa się wówczas kilkaset koncertów. W programach występują uznanej sławy organiści, utalentowani debiutanci, orkiestry, chóry, zespoły kameralne i soliści.
W 2004 roku odbyła się jubileuszowa – pięćdziesiąta edycja Międzynarodowego Festiwalu Muzyki Organowej i Kameralnej pod patronatem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej.
Obecnie katedra kamieńska oraz znajdujące się w niej organy należą do najcenniejszych polskich instrumentów, ze wspaniałym zabytkowym prospektem. Wnętrze gotyckiej katedry i akustyka sprawiają, że dźwięk organów jest niezwykle czysty i klarowny. Wyjątkowe miejsce i oprawa przyciągają do Kamienia Pomorskiego nie tylko znawców i koneserów muzyki, ale i wielu wczasowiczów z okolicznych, nadmorskich miejscowości.